1、運行班次不同或使用時間不同的工藝房間不宜設為一個潔凈空調(diào)系統(tǒng)，否則不工作的潔凈室因和在工作的潔凈室是同一個潔凈空調(diào)系統(tǒng)而不能關閉，造成浪費，提高運行成本。若空調(diào)系統(tǒng)分開設置，可將不工作的潔凈室只運行值班風機，這樣可降低運行成本。
2、生產(chǎn)過程中散發(fā)的物質(zhì)對其他工序、設備會產(chǎn)生交叉污染，對產(chǎn)品質(zhì)量或操作人員的健康、安全有影響的潔凈室空調(diào)系統(tǒng)應分開設置，這種會造成交叉污染的潔凈室在電子工廠、制藥廠和各種實驗室都有。
3、溫濕度基數(shù)和精度要求差別大的潔凈室空調(diào)系統(tǒng)應分開設置。若不分開設置一般情況下都是按基數(shù)要求高的、精度要求嚴格的工藝來確定，會造成工藝對溫濕度要求不高的也跟著高了，抬高了初投資和運行費用。
4、潔凈室內(nèi)工藝發(fā)熱量相差懸殊的系統(tǒng)應分開設置，因潔凈空調(diào)系統(tǒng)的送風量是根據(jù)潔凈度的級別或冷熱負荷來確定的，若發(fā)熱量差異大，那么發(fā)熱量小的潔凈室需要二次加熱才能滿足室內(nèi)的溫度要求，造成浪費，提高了運行成本。
5、潔凈空調(diào)系統(tǒng)與一般空調(diào)系統(tǒng)應分開設置，因一般空調(diào)系統(tǒng)無潔凈度要求，空氣不需要經(jīng)過三級（初、中、高）過濾，若合為一個系統(tǒng)，初投資和運行成本都會提高。
6、系統(tǒng)風量過大的潔凈空調(diào)系統(tǒng)應分開設置。
7、新風量特別大，室內(nèi)濕度要求高時，應獨立設置新風系統(tǒng)，如潔凈室濕度要求高而室內(nèi)發(fā)濕量不大，應在新風處理時就采取除濕措施。